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De cómo la filosofía es metafísica y la metafísica es física:

Hemos visto que el objeto de la filosofía según Zubiri es la realidad y que es la metafísica la que estudia la realidad como tal.

En Zubiri filosofía y metafísica coinciden en ese anclaje en la realidad. En este apartado intentaremos una justificación de la propia metafísica, por cuanto en el caso zubiriano se refiere a una disciplina que se separa tajantemente de la metafísica tradicional y hunde sus raíces en otra importante actividad de la razón: la ciencia.

El dualismo platónico que dividía lo real en cosmos noetós y cosmos aisthetós dejaba fuera del ámbito del estudio metafísico a este último, concentrándose exclusivamente en el estudio de las formas puras, en lo noético.
La metafísica ( ERRONEAMENTE ) se entendió como "ultrafísica" en términos zubirianos: se ocupaba únicamente de lo transcendente, de lo que está más allá de lo físico, esto es, de lo inteligible (IRE, 127-12. Es la filosofía como contemplación. La metafísica como ultrafísica se queda en lo formal, en lo eidético, en lo racional. Presupone una falsa teoría de la inteligencia en la que ésta se traduce unilateralmente en logos. Ontológicamente esto tiene su consecuencia más importante en la prioridad otorgada a lo formal-eidético en detrimento de lo sensible-material.
Con los medievales la metafísica se entendió como "transfísica", como algo allende lo físico (IRE, 128-129). La metafísica como transfísica separa tajantemente lo transcendental de lo físico y hay que dar un gran salto para acceder de un ámbito a otro.
Frente a estas concepciones tan parciales ( Y ERRONEAS ) de la metafísica debidas a una incorrecta conceptualización de la inteligencia ( E INCOMPRESION DE LA FISICA MODERNA ), Zubiri afirma que tanto lo real como lo transcendental son formalmente físicos. Es más, no son dos cosas diferentes, sino dos momentos de la misma realidad física. La metafísica como estudio de la dimensión transcendental de las cosas es "lo físico mismo como trans" (IRE, 129), es decir, lo físico en su momento transcendental, pero sin salirnos de lo físico mismo. Es la metafísica como física transcendental que supone una concepción nueva de la inteligencia: la inteligencia que no se sale ni va más allá de lo sensible ("inteligencia sentiente"). Queda claro que para Zubiri, en contra de cualquier tipo de idealismo, "la transcendentalidad es siempre de carácter físico" (RR, 39).
La metafísica zubiriana es una metafísica a posteriori, dependiente de la dinamicidad de la marcha científica, y no una metafísica apriorística que pretende medir este mundo físico y dinámico con el canon paradigmático de un ultramundo o transmundo. En este sentido puede decir J. L. Aranguren que "la filosofía primera de Zubiri, a cuya exposición dedicó el curso 1952-53, es, según creo, la más 'sobria' y estructural y la menos 'metafísica' de todas las metafísicas conocidas" (2).

La categoría clave de la que parte su filsofía es la realidad, pero entendiendo ésta como forma, como lo real de suyo, no allende la percepción sino en la percepción.

Y toda la obra zubiriana no hace sino manifestar la posibilidad de una filosofía acorde con la ciencia contemporánea, esto es, de una metafísica científica por muy contradictorios que al principio puedan parecer esos términos.
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No es por tanto, que se pueda religar ciencia y Dios, espiritualidad y religiosidad, sino que se debe depurar y religar. Y es la única solución a una epistemología de la ciencia, de la ética, de la paz y de la inteligencia.